Lambang PNK memiliki makna sebagai berikut:
- Bingkai berbentuk segi lima melambangkan Pancasila sebagai azas PNK dalam menjalankan tugas dan fungsinya.
- Lingkaran melambangkan bahwa melalui pendidikan, manusia dapat menguasai dunia.
- Bintang 2 buah melambangkan pendidikan selalu dilandaskan pada Ketuhanan Yang Maha Esa dan angka 2 adalah tanggal berdirinya Politeknik.
- Rumah adat/lopo melambangkan kekhasan kultur masyarakat Nusa Tenggara Timur.
- Obor melambangkan semangat perjuangan tetap menyala dan 6 cahaya melambangkan bulan berdirinya Politeknik.
- Cahaya matahari yang melingkari rumah adat/lopo melambangkan pendidikan dapat mengubah manusia untuk menjadi lebih baik, dan 19 cahaya, 8 lingkaran oval, dan 7 cahaya pada dasar rumah adat/lopo melambangkan tahun dimulainya kegiatan perkuliahan.
- Lingkaran oval berantai melambangkan semangat persatuan dan kesatuan.
- Roda gigi melambangkan bekerja keras untuk mencerdaskan kehidupan bangsa.
- Warna dasar biru melambangkan kedamaian, ketabahan, dan kesetiaan.